到了一九一三年，英华男校被改为农业学校并迁至木桂兰坡上课。而原本的男校抑改为专办女学生的毓英女校了卫理英校始于一九二五年。庄仁穆先生被委为首任校长，富牧师则为英文教师。卫理英校曾一度与中华学校合并至一九四零年。翌年，庄夫人与夏慈路牧师创办了卫理男校，中英兼授。一九四一年十二月，第二次世界大战爆发。次年三月，本校被日军勒令停课。
一九四六年六月，大战结束后，富师母与陆颂圣先生重开毓英女子中小学。翌年，砂罗越卫理公会中央执行委员会议决把毓英女校改为卫理中小学及幼稚园，男女兼收。麦歌罗牧师被委为校长，庄仁穆夫人为副校长。一九四九年正月四日，林文聪到校担任校长。同月十八日，富公纪念楼落成。同时，卫理高级中学亦举行了开幕典礼。
1925-kelas beraliran Bahasa Inggeris dimulakan.1942 – 1945-sekolah ditutup semasa penjajahan Jepun.18.01.1949, Hoover Memorial Building telah dirasmikan untuk mengingati sumbangan atas jasa Rev. James Hoover.
